Escherichia hermannii est une entérobactérie opportuniste parfois confondue avec E. coli. Découvrez sa microbiologie, ses manifestations cliniques, son diagnostic et son traitement.

Qu’est-ce qu’Escherichia hermannii ?

Escherichia hermannii est une entérobactérie Gram négatif appartenant à la famille des Enterobacteriaceae, le même groupe taxonomique que la très connue Escherichia coli. Longtemps passée inaperçue en clinique, cette bactérie a été décrite pour la première fois en 1982 par le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) sous l’appellation « CDC Enteric Group 11 ». Elle a ensuite été officiellement reclassifiée et nommée en hommage à Gertrude Hermann, microbiologiste américaine ayant contribué à son identification.

Pendant de nombreuses années, E. hermannii a été confondue avec E. coli en raison de similitudes biochimiques et morphologiques. Aujourd’hui, grâce au développement de nouvelles techniques d’identification comme la spectrométrie de masse (MALDI-TOF) et le séquençage génomique, elle est reconnue comme une espèce distincte, bien que ses implications cliniques restent encore partiellement élucidées.

Caractéristiques microbiologiques

Taxonomie et classification

Sur le plan taxonomique, Escherichia hermannii appartient :

• Au genre Escherichia, qui comprend également E. coli (la plus étudiée), E. albertii, E. fergusonii et E. marmotae ;
• À la famille des Enterobacteriaceae, vaste ensemble de bacilles Gram négatif omniprésents dans l’environnement et le tube digestif des animaux à sang chaud ;
• À l’ordre des Enterobacterales.

Le genre Escherichia est défini par des caractéristiques communes : bacilles mobiles grâce à des flagelles péritriches, fermentaires du glucose, oxydase négatifs et, pour la plupart, lactose positifs.

Morphologie et particularités culturales

E. hermannii se présente comme un bacille fin de 0,5 à 1 µm de large pour 2 à 3 µm de long, mobile, non sporulé, aéro-anaérobie facultatif. Sa température optimale de croissance se situe entre 35 et 37 °C.

Plusieurs particularités permettent de la distinguer lors de la culture :

• Des colonies pigmentées en jaune sur gélose standard (gélose de MacConkey, milieu de Drigalski, gélose trypticase soja), caractère rare parmi les entérobactéries ;
• Une fermentation du lactose variable et instable : les colonies primaires sont souvent lactose positives, alors que les subcultures deviennent fréquemment lactose négatives, ce qui est très inhabituel et peut prêter à confusion ;
• Un test à l’indole positif, caractéristique partagée avec E. coli ;
• Une absence de production d’H₂S sur milieu Kligler-Hajna, contrairement à Salmonella ;
• Une activité β-galactosidase.

Réservoirs et modes de transmission

Escherichia hermannii est une bactérie ubiquitaire retrouvée dans plusieurs niches écologiques :

• Tube digestif humain : elle est isolée dans les selles de sujets sains, où elle représente un pourcentage très minoritaire du microbiote ;
• Flore intestinale d’animaux (bétail, volailles, animaux de compagnie) ;
• Environnement : eaux usées, sols, surfaces contaminées par des matières fécales ;
• Produits alimentaires : viandes, parfois salades et légumes crus.

La transmission à l’homme se fait principalement par :

• Voie fécale-orale (eau ou aliments contaminés) ;
• Voie cutanée, en cas de plaie exposée à un environnement souillé ;
• Transmission nosocomiale (transmission à l’hôpital), notamment via les mains du personnel soignant, le matériel médical ou les cathéters ;
• Transmission par contact avec des animaux porteurs.

Manifestations cliniques

Bien qu’elle soit souvent considérée comme un pathogène opportuniste de faible virulence, E. hermannii est responsable d’infections diverses, en particulier chez les personnes fragilisées. La grande majorité des cas rapportés concerne des patients immunodéprimés, hospitalisés, porteurs de dispositifs médicaux invasifs ou atteints de maladies chroniques.

Bactériémies et septicémies

Les bactériémies (présence de la bactérie dans le sang) constituent les infections les plus fréquemment décrites dans la littérature scientifique. Elles surviennent souvent dans un contexte de :

• Cathéters veineux centraux colonisés ;
• Neutropénie (baisse des globules blancs) ;
• Chimiothérapie anticancéreuse ;
• Translocation digestive favorisée par une antibiothérapie préalable à large spectre.

Les septicémies secondaires peuvent évoluer vers un choc septique en l’absence de prise en charge rapide.

Infections urinaires

E. hermannii est occasionnellement isolée dans des infections du tractus urinaire (cystite, pyélonéphrite), notamment chez les patients sondés ou présentant des anomalies anatomiques des voies urinaires. Comme pour E. coli, la contamination se fait généralement par voie ascendante depuis le périnée.

Infections de plaies et infections cutanées

La bactérie peut être responsable de plaies chirurgicales infectées, d’ulcères cutanés colonisés ou d’infections de plaies traumatiques. Le contexte est souvent celui d’un contact direct avec un environnement contaminé (eau sale, terre, matières biologiques). Les signes locaux comprennent rougeur, chaleur, douleur et écoulement purulent.

Méningites et infections néonatales

De rares cas de méningites néonatales ont été publiés, principalement chez des prématurés hospitalisés en unités de soins intensifs. Le pronostic dépend de la précocité du diagnostic et de la mise en route du traitement adapté.

Autres infections rapportées

Plus exceptionnellement, E. hermannii a été isolée dans des :

• Pneumopathies nosocomiales,
• Endophtalmies (infections de l’œil),
• Ostéomyélites,
• Infections péritonéales chez des patients dialysés.

Diagnostic biologique

Le diagnostic repose sur l’isolement de la bactérie à partir d’un prélèvement stérile (hémocultures, liquide céphalorachidien, liquide articulaire) ou d’un échantillon correctement prélevé (urine, écouvillonnage de plaie).

Historiquement, E. hermannii était identifiée par des galeries biochimiques classiques (API 20E, Enterotube), mais cette méthode conduisait à des confusions fréquentes avec E. coli. Aujourd’hui, deux techniques ont révolutionné son identification :

• Spectrométrie de masse MALDI-TOF : méthode rapide, peu coûteuse, qui identifie l’espèce à partir du profil protéique bactérien ;
• Biologie moléculaire (PCR, séquençage du gène 16S ARNr ou des gènes gyrA/recA) : technique de référence pour les souches atypiques ou en cas de doute diagnostique.

L’antibiogramme, indispensable pour orienter le traitement, doit être réalisé sur tout isolat clinique significatif.

Traitement et antibiorésistance

Il n’existe pas aujourd’hui de recommandation thérapeutique spécifique propre à E. hermannii. Le choix de l’antibiotique repose sur les résultats de l’antibiogramme et la nature du foyer infectieux.

Les études disponibles suggèrent une sensibilité globalement conservée à de nombreux antibiotiques :

• Aminosides (gentamicine, amikacine) ;
• Fluoroquinolones (ciprofloxacine, lévofloxacine) ;
• Céphalosporines de 3^e génération (ceftriaxone, céfotaxime) ;
• Carbapénèmes (en cas de résistance aux autres molécules) ;
• Triméthoprime-sulfaméthoxazole (cotrimoxazole).

Toutefois, des résistences isolées ont été décrites, notamment vis-à-vis de :

• La pénicilline G et l’ampicilline ;
• Certaines céphalosporines de 1^re génération ;
• Quelques souches productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE), ce qui pose un problème en cas d’infection invasive ;
• Quelques résistances acquises aux fluoroquinolones.

Dans les bactériémies et infections sévères, une bi-antibiothérapie peut être envisagée initialement, puis réduite à une monothérapie ciblée selon l’antibiogramme. La durée du traitement dépend du site infecté : 7 à 14 jours pour les bactériémies non compliquées, parfois plus pour les infections profondes.

Prévention et mesures d’hygiène

La prévention des infections à E. hermannii repose sur des mesures d’hygiène universelles, applicables à l’ensemble des entérobactéries :

• Hygiène des mains rigoureuse, par friction hydroalcoolique ou lavage au savon doux, avant et après tout contact avec un patient ;
• Précautions standard en milieu hospitalier (port de gants, masque si risque de projection, gestion rigoureuse des déchets) ;
• Entretien et désinfection du matériel médical (cathéters, sondes, endoscopes) ;
• Précautions alimentaires : lavage des légumes, cuisson suffisante des viandes, consommation d’eau potable ;
• Surveillance bactériologique dans les services à risque (réanimation, oncologie, néonatalogie) ;
• Politique de bon usage des antibiotiques, afin de limiter l’émergence de souches résistantes ;
• Renforcement de l’immunité chez les patients fragiles (nutrition, vaccinations, prophylaxie ciblée).

En résumé

Escherichia hermannii est une entérobactérie opportuniste émergente, longtemps confondue avec E. coli et aujourd’hui correctement identifiée grâce aux techniques modernes de microbiologie. Bien que peu virulente, elle peut être responsable d’infections sévères, en particulier chez les patients immunodéprimés, hospitalisés ou porteurs de dispositifs invasifs. Les présentations cliniques les plus fréquentes sont les bactériémies, les infections urinaires et les infections de plaies.

Voici les points essentiels à retenir :

• Le diagnostic repose sur l’isolement bactériologique et l’antibiogramme ;
• Le traitement est guidé par la sensibilité aux antibiotiques, avec une réponse généralement favorable ;
• La prévention passe par le strict respect des mesures d’hygiène, tant à l’hôpital qu’à la maison ;
• Toute infection suspectée doit être rapidement signalée au médecin, particulièrement en cas de fièvre chez un patient fragile ;
• La recherche scientifique continue d’explorer la fréquence réelle et le pouvoir pathogène de cette bactérie, encore sous-estimé.

En conclusion, bien qu’Escherichia hermannii reste une bactérie méconnue du grand public, elle mérite une attention croissante de la part des professionnels de santé, dans un contexte mondial marqué par l’essor des infections opportunistes et la montée de l’antibiorésistance.