Candida auris est un champignon multirésistant émergent, responsable d'infections nosocomiales graves. Découvrez son origine, ses symptômes, son diagnostic et les moyens de lutte contre cette menace sanitaire mondiale.

Candida auris est un champignon microscopique qui a émergé au début du XXIᵉ siècle pour devenir l’un des agents infectieux les plus redoutés du milieu hospitalier. Identifié pour la première fois en 2009 au Japon, à partir d’un prélèvement d’oreille (d’où le nom « auris », qui signifie « oreille » en latin), ce pathogène se distingue par sa résistance à de nombreuses familles d’antifongiques et par sa capacité à survivre plusieurs semaines sur les surfaces inertes. Il est aujourd’hui classé par les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) américains parmi les menaces urgentes pour la santé publique. Cet article propose un tour d’horizon complet de cette menace fongique : ses origines, ses manifestations, son diagnostic, son traitement et, surtout, les mesures de prévention indispensables pour limiter sa propagation.

Qu’est-ce que Candida auris ?

Candida auris appartient au genre Candida, qui regroupe plus de 150 espèces de levures, dont certaines sont naturellement présentes dans le microbiote humain (bouche, tube digestif, peau, voies génitales). Contrairement à Candida albicans, beaucoup plus connue du grand public, Candida auris présente un profil d’agressivité nettement supérieur et une résistance pléiotrope aux antifongiques classiques.

Caractéristiques microbiologiques

• Type de micro-organisme : levure ascomycète, capable de pousser à des températures élevées (jusqu’à 42 °C), ce qui est inhabituel pour un champignon de ce genre.
• Formes cliniques : il peut se présenter sous forme de levures, de pseudo-hyphes et même former des biofilms, ce qui renforce son adhésion aux dispositifs médicaux.
• Identification difficile : les méthodes classiques de biochimie (VITEK 2, API 20C) peuvent le confondre avec d’autres espèces comme C. haemulonii ou C. famata.

Sa capacité à former des biofilms sur les matières plastiques, le métal et même le tissu contribue à sa persistance dans l’environnement hospitalier et à la difficulté de son éradication lors d’épisodes épidémiques.

Origine et émergence mondiale

Bien que décrit officiellement en 2009, des analyses rétrospectives ont montré que des souches de C. auris ont été isolées dès 1996 en Corée du Sud, à partir d’échantillons réexaminés a posteriori. Depuis, au moins quatre lignées génétiques majeures ont été identifiées sur presque tous les continents, suggérant une émergence simultanée plutôt qu’une diffusion à partir d’une source unique.

Pourquoi une émergence aussi rapide ?

• Usage massif des antifongiques : l’utilisation large de fluconazole et d’autres antifongiques azolés en agriculture, en élevage et en médecine humaine aurait favorisé la sélection de souches résistantes.
• Changement climatique : plusieurs hypothèses suggèrent que le réchauffement global a permis à C. auris de s’adapter à des températures plus élevées, le rendant capable de proliférer dans le corps humain.
• Mondialisation : les voyages internationaux et les transferts de patients entre hôpitaux ont accéléré sa dissémination.

En France, les premiers cas ont été signalés en 2017 chez des patients rapatriés de l’étranger. Depuis, le nombre de signalements est en hausse constante, principalement en Île-de-France et en région PACA.

Transmission et facteurs de risque

Candida auris se transmet principalement par contact direct avec une personne infectée ou colonisée, ou par contact indirect avec des surfaces contaminées : poignées de porte, stéthoscopes, brassards de tensiomètre, lits, draps, cathéters ou encore sondes.

Populations à haut risque

• Patients hospitalisés en réanimation, soins intensifs ou unités de soins prolongés.
• Personnes portant des dispositifs médicaux invasifs (cathéters veineux centraux, sondes urinaires, drains chirurgicaux).
• Sujets immunodéprimés : greffés, patients sous chimiothérapie, personnes vivant avec le VIH avancé.
• Patients ayant reçu récemment plusieurs lignes d’antibiotiques à large spectre, qui perturbent le microbiote et favorisent les surinfections fongiques.
• Personnes âgées fragiles vivant en établissements de soins de longue durée.

La colonisation asymptomatique est fréquente : un patient peut héberger le champignon au niveau de la peau, des aisselles ou de l’aine pendant des semaines ou des mois sans développer de symptômes, tout en le transmettant à son entourage. C’est pourquoi le dépistage systématique est devenu une priorité dans les hôpitaux ayant identifié des cas.

Symptômes et manifestations cliniques

Les signes d’infection à Candida auris varient selon le site atteint et sont souvent peu spécifiques, ce qui retarde le diagnostic. Trois tableaux cliniques dominent.

Candidémie (infection du sang)

• Fièvre persistante malgré les antibiotiques à large spectre.
• Frissons, hypotension, tachycardie, choc septique dans les formes graves.
• Mortalité attribuable estimée entre 30 % et 60 %, selon les études et les comorbidités.

Infections de plaies et cutanées

• Plaies chirurgicales ou escarres qui ne cicatrisent pas malgré les soins locaux.
• Présence de pus, de tissus nécrosés, parfois d’abcès profonds.
• Cellulite étendue chez les patients fragiles.

Otomycose et autres localisations

• Infections de l’oreille moyenne ou externe, parfois à l’origine de douleurs, de prurit, de surdité.
• Plus rarement : infections urinaires, pneumopathies, endophtalmie, ostéomyélite ou endocardite.

Le tableau le plus redouté reste la fongémie, associée à un pronostic sévère et un risque de décès élevé, en particulier lorsque le diagnostic et le traitement adapté sont retardés.

Diagnostic : un défi de laboratoire

L’identification correcte de Candida auris est l’un des principaux enjeux de la prise en charge, car de nombreux laboratoires de routine continuent d’utiliser des méthodes biochimiques qui peuvent le confondre avec d’autres espèces. Cette erreur diagnostique peut entraîner un traitement inadapté et la propagation silencieuse du champignon.

Méthodes recommandées

• Spectrométrie de masse MALDI-TOF : méthode de référence lorsque la base de données inclut les spectres de C. auris.
• PCR (réaction en chaîne par polymérase) : techniques moléculaires rapides et spécifiques, disponibles dans les centres nationaux de référence.
• Cultures sur milieux sélectifs : milieux chromogènes spécifiques et milieu Sabouraud à 40 °C qui favorisent sa croissance.
• Antifongigramme : indispensable pour tester la sensibilité aux différentes molécules et orienter le traitement.

En France, le Centre National de Référence des Mycoses et Antifongiques (CNRMA) joue un rôle clé dans la confirmation des cas et l’analyse des souches pour surveiller l’évolution de la résistance.

Traitement : des options limitées

La résistance aux antifongiques constitue le principal problème thérapeutique. Environ 90 % des souches sont résistantes au fluconazole, et un nombre croissant présente une résistance à deux ou trois familles d’antifongiques simultanément.

Principales molécules utilisées

• Échinocandines (caspofungine, micafungine, anidulafungine) : traitement de première intention recommandé par l’IDSA et l’ECMM, en attendant les résultats de l’antifongigramme.
• Amphotéricine B liposomale : efficace dans les formes sévères ou en cas de résistance aux échinocandines, mais nécessite une surveillance rénale étroite.
• Nouveaux antifongiques : l’ibrexafungerp (inhibiteur de la glucane synthase) et le rezafungaszine, récemment approuvés ou en cours d’évaluation, offrent de nouvelles options.

Durée et suivi du traitement

Le traitement d’une candidémie dure généralement 14 jours après la dernière hémoculture négative, avec retrait du cathéter veineux central lorsque cela est possible. Le suivi repose sur des hémocultures répétées et un antifongigramme complet pour ajuster la stratégie thérapeutique.

Prévention et contrôle de l’infection

La prévention constitue le principal levier contre la diffusion de Candida auris. Les autorités sanitaires du monde entier recommandent un ensemble de mesures coordonnées entre les établissements de santé.

Mesures d’hygiène hospitalière

• Précautions contact : port de gants et de surblouse pour tout contact avec un patient colonisé ou infecté, lavage des mains avec une solution hydro-alcoolique.
• Isolement géographique : chambre seule ou cohorte avec personnel dédié.
• Désinfection environnementale renforcée : utilisation de produits sporicides (eau de Javel, peroxyde d’hydrogène, ammoniums quaternaires spécifiques) capables d’éliminer les biofilms.
• Screening des contacts : écouvillonnage axillaire et inguinal des patients ayant partagé le même secteur qu’un cas.

Rôle des patients, familles et visiteurs

• Respect strict de l’hygiène des mains à l’entrée et à la sortie de la chambre.
• Limitation des visites en période d’épidémie.
• Signalement de tout antécédent d’hospitalisation à l’étranger.

En France, Santé publique France et la Haute Autorité de Santé diffusent régulièrement des mises à jour et des protocoles de prise en charge à destination des établissements hospitaliers.

Candida auris et santé publique : état des lieux mondial

Selon l’Organisation mondiale de la Santé (OMS), Candida auris figure depuis 2022 sur la liste des agents fongiques prioritaires, en raison du nombre limité de traitements efficaces et de sa dissémination planétaire. Plus de 40 pays ont signalé des cas, avec des foyers épidémiques majeurs aux États-Unis, en Inde, au Royaume-Uni, en Espagne, en Afrique du Sud et en Amérique latine.

La surveillance épidémiologique repose sur le signalement obligatoire, le typage génomique des souches (Whole Genome Sequencing) et la transmission des données aux réseaux internationaux de référence. L’objectif est d’identifier rapidement les épidémies et de limiter la transmission croisée entre établissements.

En résumé et conseils pratiques

Candida auris est un champignon émergent, multirésistant, capable de provoquer des infections graves, notamment chez les patients hospitalisés fragiles. Sa résistance aux antifongiques classiques, sa persistance dans l’environnement et la difficulté de son identification en font une menace sanitaire majeure.

Points clés à retenir

• La transmission se fait principalement par contact direct ou indirect avec des surfaces contaminées.
• Le diagnostic nécessite des techniques modernes (MALDI-TOF, PCR) et un antifongigramme.
• Le traitement repose sur les échinocandines en première intention, parfois associées à l’amphotéricine B.
• La prévention repose sur l’hygiène des mains, l’isolement contact et la désinfection stricte des environnements.
• En cas d’hospitalisation programmée à l’étranger, il est utile d’informer l’équipe soignante de tout séjour récent dans un pays à risque.

Si vous travaillez en milieu hospitalier ou accompagnez un proche hospitalisé, n’hésitez pas à interroger l’équipe soignante sur les mesures de prévention en place. Pour le grand public, le respect des règles d’hygiène et l’usage raisonné des antibiotiques et antifongiques restent les meilleurs alliés pour limiter la sélection de micro-organismes résistants, y compris Candida auris.