Escherichia albertii : cette bactérie émergente

Escherichia albertii est une bactérie entérique émergente responsable de gastro-entérites parfois sévères, souvent sous-diagnostiquée en raison de sa proximité avec E. coli. Découvrez ses caractéristiques, ses modes de transmission et les moyens de s'en protéger.

Qu’est-ce que Escherichia albertii ?

Escherichia albertii est une bactérie à Gram négatif, en forme de bâtonnet, appartenant à la famille des Enterobacteriaceae. Décrite pour la première fois en 2003 par Huys et ses collaborateurs à partir d’isolats provenant d’enfants bangladais atteints de diarrhée, cette espèce longtemps méconnue est aujourd’hui reconnue comme un pathogène entérique émergent à l’échelle mondiale.

Avant sa description officielle, E. albertii était régulièrement confondue avec d’autres entérobactéries, notamment certaines souches atypiques d’Escherichia coli ou avec Hafnia alvei. Cette confusion historique explique en grande partie pourquoi la bactérie a été sous-estimée pendant des décennies, alors qu’elle est aujourd’hui considérée comme une cause significative de gastro-entérites, en particulier chez les jeunes enfants et les personnes immunodéprimées.

Son nom rend hommage à l’éminent microbiologiste américain Albert Balows, qui a contribué de manière majeure à la microbiologie clinique moderne.

Caractéristiques microbiologiques d’Escherichia albertii

Propriétés biochimiques et structurales

E. albertii partage plusieurs caractéristiques avec son célèbre parent E. coli, mais s’en distingue nettement sur certains points :

• Morphologie : bacille à Gram négatif, non sporulé, mesurant environ 1 à 3 µm de long.
• Mobilité : contrairement à la majorité des E. coli, E. albertii est non mobile, car elle ne possède pas de flagelles fonctionnels.
• Métabolisme glucidique : la bactérie est généralement non fermentante ou fermentante tardive du lactose, ce qui la différencie de la plupart des souches d’E. coli.
• Production d’indole : positive, comme de nombreuses entérobactéries.
• Activité β-glucuronidase : généralement négative, contrairement à la plupart des E. coli.

Facteurs de virulence

Plusieurs facteurs de virulence ont été identifiés chez E. albertii, contribuant à son pouvoir pathogène :

• La toxine cytolétale distensive (CDT), qui endommage l’ADN des cellules épithéliales intestinales et provoque un arrêt du cycle cellulaire.
• Des îlots de pathogénicité (PAI) contenant des gènes codant pour des adhésines et des systèmes de sécrétion.
• La présence possible de gènes codant pour des intimines (eae), habituellement retrouvés chez E. coli entéropathogènes (EPEC), ce qui suggère une capacité d’attachement et d’effacement des entérocytes.
• La production de biofilms, favorisant la persistance dans l’environnement et sur les surfaces.

Le génome d’E. albertii est remarquablement proche de celui d’E. coli, avec une identité nucléotidique supérieure à 90 %, ce qui rend son identification particulièrement délicate.

Épidémiologie et modes de transmission

Distribution géographique

E. albertii a été identifiée sur tous les continents. Les études épidémiologiques montrent que sa prévalence est probablement sous-estimée dans de nombreux pays, en raison de la difficulté à la différencier d’autres entérobactéries avec les méthodes classiques. Des cas ont été rapportés au Bangladesh (où elle a été initialement découverte), au Japon, aux États-Unis, au Canada, en Europe, en Australie et en Afrique.

Populations à risque

Certaines populations sont particulièrement vulnérables :

• Les jeunes enfants, notamment ceux âgés de moins de 5 ans, qui constituent la majorité des cas documentés.
• Les personnes âgées vivant en collectivité.
• Les patients immunodéprimés (VIH, transplantés, sous chimiothérapie).
• Les voyageurs se rendant dans des régions à faible niveau d’hygiène sanitaire.

Sources et réservoirs

E. albertii possède un caractère zoonotique important. Elle a été isolée chez de nombreuses espèces animales :

• Oiseaux sauvages et domestiques : les oiseaux sont considérés comme l’un des principaux réservoirs, en particulier les passereaux et les canards.
• Animaux de compagnie : chats, chiens, oiseaux de cage.
• Animaux d’élevage : porcs, bovins, volailles.
• Environnement : eaux usées, eaux de surface contaminées par des matières fécales.

Modes de transmission

La transmission est principalement de type féco-orale, par :

• Consommation d’eau contaminée.
• Ingestion d’aliments contaminés : volailles mal cuites, fruits et légumes crus mal lavés, produits laitiers non pasteurisés.
• Contact direct avec des animaux infectés ou leurs déjections.
• Transmission interhumaine, notamment dans les collectivités (crèches, maisons de retraite), favorisée par une hygiène des mains insuffisante.

Symptômes et manifestations cliniques

Tableau clinique typique

L’infection à E. albertii se manifeste principalement par une gastro-entérite aiguë, dont l’expression varie selon l’âge et l’état de santé du patient :

• Diarrhée aqueuse, parfois abondante et durant de 3 à 14 jours.
• Diarrhée sanglante dans certains cas, évoquant une colite hémorragique.
• Douleurs abdominales et crampes.
• Fièvre modérée (généralement entre 38 et 39 °C).
• Nausées et vomissements, plus fréquents chez l’enfant.
• Anorexie et perte de poids.
• Asthénie et malaise général.

Complications possibles

Bien que la majorité des infections soient autolimitées, certaines complications peuvent survenir :

• Déshydratation sévère, notamment chez les nourrissons et les personnes âgées, pouvant nécessiter une hospitalisation.
• Colite hémorragique avec perte sanguine significative.
• Syndrome hémolytique et urémique (SHU), complication redoutable mais rare, caractérisée par une anémie hémolytique, une thrombopénie et une insuffisance rénale aiguë.
• Bactériémie, principalement chez les patients immunodéprimés.
• Méningite, exceptionnelle mais décrite chez le nouveau-né.

Chez l’enfant en bas âge, la vigilance est de mise car la déshydratation peut s’installer rapidement et engager le pronostic vital.

Diagnostic biologique d’Escherichia albertii

Difficultés d’identification

Le diagnostic d’E. albertii représente un véritable défi pour les laboratoires de microbiologie clinique. En raison de ses similitudes biochimiques avec d’autres entérobactéries, la bactérie est régulièrement confondue avec :

• Escherichia coli inerte ou atypique.
• Hafnia alvei.
• Yersinia enterocolitica dans certains cas.

Les galeries biochimiques classiques peuvent produire des profils ambigus, conduisant à des erreurs d’identification ou à des diagnostics manqués.

Méthodes de confirmation

Pour une identification fiable, plusieurs techniques modernes sont utilisées :

• PCR (Polymerase Chain Reaction) : amplification de gènes spécifiques, notamment le gène clpX ou des séquences de l’ARNr 16S, permettant une identification précise.
• Séquençage génomique : méthode de référence, particulièrement utile pour les études épidémiologiques.
• MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation Time-Of-Flight) : technique de spectrométrie de masse rapide, désormais intégrée dans de nombreux laboratoires hospitaliers, qui permet une identification fiable des souches cliniques.
• Hybridation ADN-ADN, technique historique désormais remplacée par les méthodes moléculaires modernes.

Le développement et la diffusion de ces techniques dans les laboratoires de routine sont essentiels pour mieux évaluer la réelle prévalence de la bactérie.

Traitement et prise en charge

Mesures symptomatiques

Dans la majorité des cas, l’infection à E. albertii étant autolimitée, le traitement repose essentiellement sur :

• Réhydratation orale (SRO) : solution contenant sels et glucose pour compenser les pertes hydroélectrolytiques.
• Réhydratation intraveineuse en milieu hospitalier si la déshydratation est sévère ou si la voie orale est impossible.
• Régime alimentaire adapté : reprise progressive d’une alimentation normale, en évitant temporairement les produits laitiers en cas d’intolérance transitoire au lactose.
• Antipyrétiques (paracétamol) en cas de fièvre mal tolérée.
• Antidiarrhéiques à éviter en cas de diarrhée sanglante ou de suspicion de syndrome invasif, car ils peuvent retarder l’élimination de la bactérie.

Antibiothérapie

Les antibiotiques ne sont pas systématiquement indiqués. Leur prescription est réservée aux situations suivantes :

• Patients immunodéprimés.
• Formes sévères avec diarrhée sanglante abondante.
• Présence de bactériémie ou d’infections extra-intestinales.
• Patients à risque de complications (nourrissons, sujets âgés, comorbidités).

Les molécules potentiellement actives incluent les fluoroquinolones, les céphalosporines de troisième génération ou l’azithromycine. Cependant, plusieurs études rapportent une résistance croissante aux antibiotiques, notamment vis-à-vis de l’ampicilline, du triméthoprime-sulfaméthoxazole et de certaines tétracyclines, soulignant l’importance d’un antibiogramme préalable à toute prescription.

Prévention et mesures d’hygiène

Hygiène alimentaire

La prévention repose avant tout sur le respect de règles élémentaires d’hygiène alimentaire :

• Cuire suffisamment les viandes, en particulier la volaille, à une température à cœur supérieure à 70 °C.
• Laver soigneusement les fruits et légumes destinés à être consommés crus.
• Conserver les aliments à des températures adéquates (réfrigération en dessous de 4 °C).
• Éviter la contamination croisée entre aliments crus et cuits dans la cuisine.
• Consommer uniquement de l’eau potable ou filtrée, surtout en voyage.

Hygiène des mains et environnement

• Lavage fréquent des mains au savon, pendant au moins 20 secondes, notamment après être allé aux toilettes, après avoir manipulé des animaux ou leurs déjections, et avant de préparer ou consommer un repas.
• Nettoyage régulier des surfaces de cuisine et des ustensiles.
• En cas de maladie dans le foyer, désinfection des sanitaires et lavage du linge à haute température.

Précautions avec les animaux

• Laver les mains après avoir touché un animal de compagnie, en particulier les oiseaux et les jeunes animaux.
• Nettoyer régulièrement les cages, litières et bacs avec des produits désinfectants adaptés.
• Éviter que les jeunes enfants ne portent à la bouche des objets contaminés par des déjections animales.

En bref

Escherichia albertii est une bactérie pathogène émergente longtemps confondue avec E. coli, responsable de gastro-entérites pouvant toucher particulièrement les enfants, les personnes âgées et les immunodéprimés. Sa transmission est essentiellement féco-orale, par l’eau, les aliments contaminés ou le contact avec des animaux infectés.

Voici les principaux points à retenir :

• Devant une diarrhée persistante ou sanglante, surtout chez un jeune enfant ou une personne fragile, il est important de consulter un médecin et d’envisager une analyse de selles.
• La réhydratation est le pilier du traitement dans la majorité des cas.
• Les antibiotiques ne sont pas systématiquement nécessaires et doivent être prescrits avec discernement, idéalement après antibiogramme.
• La prévention repose sur une hygiène rigoureuse : lavage des mains, cuisson correcte des aliments, consommation d’eau saine et précautions lors des contacts avec les animaux.
• En cas de voyage dans une région à risque, appliquer strictement les précautions sanitaires habituelles (eau encapsulée, aliments bien cuits, fruits pelés).
• Si plusieurs personnes d’un même foyer ou d’une collectivité présentent des symptômes digestifs, il est utile d’en informer le médecin afin d’orienter les recherches diagnostiques vers E. albertii ou d’autres pathogènes émergents.

Avec l’amélioration des techniques diagnostiques et une meilleure connaissance de cette bactérie, les autorités sanitaires espèrent pouvoir dresser un portrait plus précis de son impact réel et renforcer les mesures de santé publique adaptées.